Cercetătorii raportează cazul unui pacient nevaccinat coinfectat cu subvariantele Omicron BA.1 și BA.2

• Studiul arată că infecția cu subvariantele Omicron duce la o boală ușoară la persoanele nevaccinate, cu o probabilitate de a trece neobservată.
• Rezultatele studiului indică necesitatea unei supravegheri genomice continue pentru a identifica coinfecțiile și pentru a minimiza riscul de recombinare SARS-CoV-2.
• COVID-19 este cauzat de coronavirusul 2 al sindromului respirator acut sever (SARS-CoV-2), identificat pentru prima dată în Wuhan, China.

Un studiu recent publicat în The Lancet Microbe a descris cazul unei femei nevaccinate, coinfectată cu subvariantele BA.1 și BA.2 Omicron Omicron BA.1 și BA.2 ale sindromului respirator acut sever 2 (SARS-CoV-2).

Circulația variantelor SARS-CoV-2 și protecția suboptimală conferită de vaccinurile împotriva coronavirusurilor 2019 (COVID-19) ar putea crea condițiile pentru coinfectarea cu diferite variante SARS-CoV-2. Infecțiile concomitente cu diferite variante ar putea avea ca rezultat noi recombinanți SARS-CoV-2 interliniare cu caracteristici noi potențial imprevizibile. Coinfecțiile au fost documentate încă de la primele valuri COVID-19. Coinfecția cu variantele Delta și Omicron ale SARS-CoV-2 a fost raportată la persoane imunocompromise și imunocompetente care trăiesc în regiuni geografice diferite.

Coinfecțiile au putut fi identificate cu promptitudine deoarece variantele prezintă secvențe genomice diferite. Recombinarea variantelor strâns înrudite este posibilă și ar putea fi dificil de detectat. În Regatul Unit (UK), până în prezent au fost confirmate peste 630 de cazuri de infecție cu varianta XE. Varianta XE este o chimeră a variantelor BA.1 și BA.2. Prin urmare, este esențial să se identifice coinfecțiile pentru a reduce riscul de recombinare a variantelor SARS-CoV-2.

Toate probele au fost procesate pentru o reacție în lanț de polimerizare cu transcripție inversă multiplexă (RT-PCR) pentru a examina semnăturile mutațiilor variantelor SARS-CoV-2. Aceștia au constatat că toate probele aparțineau variantei Omicron. Apoi, 54 de probe au fost alese aleatoriu pentru secvențierea genomului. Douăzeci și patru de probe au fost procesate pentru secvențierea întregului genom prin secvențiere de generație următoare (NGS), iar genele spike ale celorlalte probe au fost secvențiate prin metoda Sanger. Proba pacientului a fost secvențiată prin metoda Sanger.

Electroferograma rezultată a pacientului-caz a evidențiat numeroase polimorfisme și o secvență ilizibilă, spre deosebire de electroferogramele clare ale probelor celorlalți pacienți. Această secvență era adiacentă la deleția de 142 – 144 aminoacizi a SARS-CoV-2 Omicron. Având în vedere rezultatul neconcludent cu secvențierea Sanger, proba a fost supusă analizei NGS, care a arătat 67 de mutații caracteristice SARS-CoV-2 Omicron și subvariantelor sale. Cincisprezece au fost identificate ca fiind din subliniajul BA.1 și 20 din subliniajul BA.2. În plus, analiza Nextclade a confirmat statutul de coinfecție. Pacienta s-a izolat singură și nu a avut contacte. Infecția SARS-CoV-2 a fost rezolvată în nouă zile.